বাগেরহাটের নাম কে করে দিয়েছিলেন তা গবেষণা সাপেক্ষ হলেও আজ তা নিরূপন করা দুঃসাধ্য। কারো কারো  মতে বাগেরহাটের নিকটবর্তী সুন্দরবন থাকায় এলাকাটিতে বাঘের উপদ্রব ছিল, এ জন্যে  এ এলাকার নাম হয়ত ‘‘বাঘেরহাট’’ হয়েছিল এবং ক্রমান্বয়ে তা বাগেরহাট-এ রূপান্তরিত হয়েছে। মতান্তরে হযরত খানজাহান(রঃ) এর প্রতিষ্ঠিত ‘‘খলিফাত-ই-আবাদ’’ এর বিখ্যাত ‘‘বাগ’’ অর্থ বাগান, এ অঞ্চলে এতই সমৃদ্ধি লাভ করে যে, তা থেকেই হয়ে দাঁড়িয়েছে বাগের আবাদ তথা ‘‘ বাগেরহাট’’ । তবে সবচেয়ে গ্রহণযোগ্য মতটি হচ্ছে শহরের পাশ দিয়ে প্রবাহিত ভৈরব নদীর উত্তর দিকের হাড়িখালী থেকে বর্তমান নাগের বাজার পর্যমত্ম যে লম্বা বাঁক অবস্থিত, পূর্বে সে বাঁকের পুরাতন বাজার এলাকায় একটি হাট বসত। আর এ হাটের নামে এ স্থানটির নাম হলো বাঁকেরহাট। কালক্রমে বাঁকেরহাট পরিবর্তিত হয়ে দাঁড়িয়েছে বাগেরহাট নামে।

বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমে বঙ্গোপসাগরের কূল ঘেষে বাগেরহাট জেলার অবস্থান। বাগেরহাট খুব পুরনো ভূখন্ড না হলেও বাগেরহাটের সমৃদ্ধির ইতিহাস উপমহাদেশের বহু প্রাচীন জনপদের সমকালীন ও সমপর্যায়ের। হযরত খানজাহান(রঃ) এর সময় এ অঞ্চলের দীঘি খননকালে বিশেষ করে ‘‘ খাঞ্জেলী দীঘি’’ খননকালে পাওয়া ধ্যানী বুদ্ধমূর্তি থেকে অনুমিত হয় হযরত খানজাহান(রঃ) এর আগমনের বহুপূর্ব হতেই বাগেরহাটে এক বিসত্মৃত জনপদ ছিল। বর্তমানে সেই বুদ্ধমূর্তি বাগেরহাটের শিববাড়ি থেকে স্থানামতরিত হয়ে ঢাকার কমলাপুর বৌদ্ধ বিহারে রক্ষিত আছে।

বাংলার শাসক যখন নাসিরউদ্দিন মাহমুদ শাহ(১৪৪২-১৪৫৯) তখন হযরত খানজাহান(রঃ) এ অঞ্চল আবাদ করে নামকরণ করলেন ‘‘ খলিফাত-ই-আবাদ’’ বা প্রতিনিধির অঞ্চল। মানুষের কল্যাণে তিনি তৈরী করলেন ষাটগম্বুজসহ অসংখ্য মসজিদ, দীঘি, রাসত্মা ও পত্তন করলেন অগণিত হাট-বাজার। হযরত খানজাহান(রঃ) এর আগমনকাল না জানা গেলেও এ সাধক পুরম্নষ পঞ্চদশ শতাব্দীর গোড়ার দিকে বহু ধর্মপ্রাণ অনুসারিদের সাথে নিয়ে যশোর জেলার বার বাজার হয়ে ভৈরব নদী অতিক্রম করে বাগেরহাট পৌঁছান। তাঁর মাজারগাত্রে উৎকীর্ণ শীলালিপি হতে জানা যায় ২৬ জিলহজ্ব ৮৬৩ হিজরী(১৪৫৯ খ্রিঃ) তে তিনি ইমেত্মকাল করেন। হযরত খানজাহান(রঃ) এর তিরোধানের পর হুসাইন শাহীর বংশধরেরা এ অঞ্চল শাসন করতেন। বঙ্গেশ্বর নসরৎ শাহের খলিফাতাবাদটাকশাল বাগেরহাট শহরের সম্ভবতঃ মিঠাপুকুরের নিকটে অবস্থিত ছিল। মিঠাপুকুর পাড়ে সে আমলের একটি মসজিদ আছে। যশোরের রাজা প্রতাপাদিত্যের সময়ে নির্মিত এক আকর্ষণীয় মঠ যাত্রাপুরের অযোধ্যায়(কোদলা) অবস্থিত। আজকের বাগেরহাট সেই ঐতিহ্যের ধারাবাহিকতাকে বয়ে বেড়াচ্ছে। বৃটিশ বিরোধী আন্দোলনের পুরোধা বাগেরহাট বাংলাদেশের স্বাধীনতা সংগ্রামেও সুন্দরবন অঞ্চলে দূর্ভেদ্য ঘাঁটি এক অনন্য দৃষ্টামত্ম স্থাপন করে। ১৭৮৬ সালে লর্ড কর্ণওয়ালিসের শাসন আমলে যশোরকে জেলায় পরিণত করা হয়। ১৮৪২ সালে খুলনা যখন যশোর জেলার একটি মহকুমা তখন বাগেরহাট খুলনার অমত্মর্গত একটি থানা। ১৮৪৯ সালে মোড়েল উপাধিধারী দু’জন ইংরেজ বাগেরহাটে মোড়েলগঞ্জ নামক একটি বন্দর স্থাপন করেন। ১৮৬১ সালের ২৬ নভেম্বর ‘‘মোড়েল-রহিমুলস্নাহ’’ নামে খ্যাত এক রক্তক্ষয়ী সংঘর্ষ হয়, তখন সাহিত্য সম্রাট বঙ্কিমচন্দ্র  খুলনার ডেপুটি ম্যাজিস্ট্রেট। সেই সংঘর্ষের তদমত্ম তিনিই করেন এবং প্রশাসনিক প্রয়োজনে বাগেরহাটে একটি মহকুমা স্থাপন করার সুপারিশ করেন। ফলশ্রুতিতে ১৮৬৩ সালে বাগেরহাট মহকুমা হিসেবে যশোর জেলার অমত্মর্গত হয়। ১৮৮২ সালে খুলনা, সাতক্ষিরা ও বাগেরহাট মহকুমা নিয়ে খুলনা জেলা গঠিত হয়। ১৯৮৪ সালের ২৩ ফেব্রম্নয়ারি বাগেরহাট মহকুমা জেলায় উন্নীত হয়। বর্তমানে বাগেরহাট  ০৯টি উপজেলা,৭৫টি ইউনিয়ন,১০৪৭ টি গ্রাম এবং ০৩ টি  পৌরসভার সমন্বয়ে গঠিত একটি ’’এ’’ ক্যাটাগরীভূক্ত জেলা।